TreeMix运行抛出std::logic_error错误终止问题求助

• 优先排查文件格式兼容问题
  该报错本质是软件读入文件时识别到空字符触发的逻辑错误，首先做格式校验：
  1. 转换换行符格式，删除空行：Windows系统生成的文件换行符为\r\n，TreeMix无法识别会读到空值，执行dos2unix data.p.treemix.gz（或先解压后转换明文文件），再执行sed -i '/^$/d' data.p.treemix删除所有空行
  2. 排查缺失值填充是否合规：TreeMix要求每行的等位基因计数项数量必须和第一行的群体数完全一致，缺失位点不能留空，必须填充为0,0，不能出现连续空格、制表符和空格混用的情况
  3. 排除压缩文件损坏问题：先解压gz文件为明文，直接调用明文文件运行测试：

  gzip -d data.p.treemix.gz
  treemix -i data.p.treemix -o test_output
  

• 解决2个群体的边界兼容问题
  TreeMix原生逻辑默认适配≥3个群体的分析场景，仅输入2个群体时会触发边界判断错误，可通过以下两种方式处理：
  1. 新增一个虚拟外类群：在第一行群体名末尾加OUT，每一行的计数末尾加1,1，凑齐3个群体后运行，分析时忽略外类群的分支即可
  2. 运行时明确指定迁移事件数为0：添加参数-m 0关闭迁移事件预测，避免软件计算迁移事件时对群体数的校验报错：

  treemix -i data.p.treemix.gz -o output -m 0
  

• 最小数据集定位问题
  先构造仅含2个有效位点、无缺失的极小测试文件，确认可正常运行后，逐步增加位点、引入缺失值，定位具体异常的行位点，删除格式异常的行即可正常运行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hemr3