使用ggpubr的stat_compare_means()出现all observations are in the same group报错

问题解答 #

你代码中没有用到mutate却出现相关报错，确实是ggpubr包内部调用dplyr相关函数计算检验值时产生的，属于包内部的运行逻辑，和你自己写的代码无关。

你排查到第二个stat_compare_means()触发报错是正确的，无参数的stat_compare_means()默认会基于x轴的分组计算全局组间差异的p值（默认用Kruskal-Wallis检验），触发所有观测都在同一组报错的核心原因是你的代码里存在一行错误的映射设置：

discrete_scale(aes(x = "Strain", y = "OD"), "OD", palette = cbPalette)

这行代码错误地重写了全局美学映射，把所有观测的x轴值都固定为了字符串"Strain"，导致做全局检验时系统识别到所有样本都属于同一个分组，无法完成计算就抛出了报错。你写这行的本意应该是设置分组的填充色，直接把这行替换为scale_fill_manual(values = cbPalette)即可修复映射错误。

可选解决方法

• 如果你不需要在图上显示全局的组间差异p值，直接删除第二个stat_compare_means()即可，不会影响你前面设置的两两比较校正p值的展示，也不会再抛出报错。
• 如果你需要显示全局检验p值，先把错误的discrete_scale行替换为正确的scale_fill_manual设置，再保留第二个stat_compare_means()即可正常运行。

额外建议你核对数据集中Strain列的取值，确保和你scale_x_discrete里设置的limits内容完全匹配，没有拼写、空格、特殊字符差异，避免部分分组数据被过滤导致其他计算异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jcrunden