如何在命令行向R脚本传递字符串类型参数

你遇到的报错核心原因是shell层的同类型引号嵌套冲突，你写的命令里外层用了"包裹--args参数段，内层给文件名加的"会被shell识别为外层引号的结束标记，导致整段参数解析错乱。

修正方法 #

方案1：外层改用单引号包裹参数段 #

shell中单引号包裹的内容会原样传递，不会解析内部的双引号，R可以正常识别字符串参数：

R CMD BATCH '--args CHR=1 file="file1.txt"' rfile.R test.Rout

方案2：内层双引号加转义符 #

如果要保留外层双引号，给内层的双引号前加反斜杠\转义，告诉shell这是普通字符：

R CMD BATCH "--args CHR=1 file=\"file1.txt\"" rfile.R test.Rout

更简便的无命名参数传法 #

如果不需要命名参数，直接按顺序传参可以避开引号处理的麻烦：

• 命令行写法：

R CMD BATCH "--args 1 file1.txt" rfile.R test.Rout

• R脚本内接收示例：

# 读取--args后面的所有参数，按顺序存为向量
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
CHR <- as.numeric(args[1])
file <- args[2]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者wkde