如何在同一张图中同时绘制分组回归线和全体数据汇总回归线？

你只需要在现有代码基础上新增一层geom_smooth，显式指定group = 1覆盖全局的site分组规则，同时设置颜色为黑色即可，修改后的代码如下：

plotsr.sp <- ggplot(data = result.sp.melt, 
                    aes(x = belt, y = sr, group = site, color = site)) +
             geom_smooth(method = "lm", se = F) +
             # 新增全量汇总回归线
             geom_smooth(aes(group = 1), method = "lm", se = F, color = "black") +
             scale_x_discrete(labels = c("Low","Mid","High"))

原理说明 #

默认情况下ggplot的图层会继承全局定义的美学映射，你之前在全局aes里设置了group = site，所以所有默认图层都会按site分组拟合回归线。新增的geom_smooth里设置aes(group = 1)就是告诉ggplot这一层不需要按site分组，把所有样本作为同一个整体拟合回归，再手动指定color为黑色就达到你要的效果了。

如果想让代码逻辑更清晰，也可以把分组和颜色的映射放到分组回归线的图层私有配置里，避免全局映射的影响：

plotsr.sp <- ggplot(data = result.sp.melt, aes(x = belt, y = sr)) +
             # 按site分组的回归线
             geom_smooth(aes(group = site, color = site), method = "lm", se = F) +
             # 全量汇总回归线
             geom_smooth(method = "lm", se = F, color = "black") +
             scale_x_discrete(labels = c("Low","Mid","High"))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者merlin song