集群执行失败后如何保留Snakemake生成的作业脚本用于排查？

• 核心参数：执行Snakemake命令时添加--keep-scripts标记，该参数会强制Snakemake在作业执行完成（无论成功或失败）后，不自动删除生成的临时作业脚本。修改后的执行命令示例如下：

  snakemake --keep-scripts --profile 你的集群配置名 其他原有参数
  

  保留的脚本会存放在报错信息中提示的.snakemake/下的临时目录内，你可以直接打开查看完整的脚本内容。
• 若需要同时保留作业运行时的完整临时目录，可额外添加--keep-runtime-dirs参数，方便排查路径、权限等关联问题。

针对你当前的报错额外提示：该报错大概率是因为脚本第三行的变量赋值语句被Shell错误识别为可执行命令调用，通常是赋值行缺少export关键字、或者行首存在非法字符导致的，你拿到完整脚本后可以优先检查第三行的语法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者pablacious