Ubuntu编译graphmap2提示zconf.h: No such file or directory错误求助

可行解决方案 #

• 优先使用Ubuntu官方源的zlib开发包，无需手动编译源码，直接执行以下命令安装：
  sudo apt install zlib1g-dev
  安装完成后zlib的头文件会自动写入系统标准包含路径，你现有Makefile的INCLUDE变量已经配置了-I"/usr/include/"，可以直接识别到zconf.h文件。
• 如果你必须使用当前工作目录下自行下载的zlib源码，需要修改Makefile中的INCLUDE变量，追加本地zlib源码的头文件路径。比如你将zlib解压到了项目根目录下的zlib文件夹，就把INCLUDE配置修改为：

  INCLUDE = -I"./src/" -I"/usr/include/" -I"$(CODEBASE)/seqlib/src/libs/seqan-library-2.0.1/include" -I"$(CODEBASE)/seqlib/src/libs/libdivsufsort-2.0.1-64bit/" $(CODEBASE_SRC_FOLDERS) -I./zlib
  

  这样编译器才能检索到你本地zlib目录下的头文件。
• 额外参数优化：你当前把链接参数-lz写到了所有CC_FLAGS_*系列的编译参数中，-lz仅在链接阶段生效，且你已经在LD_LIBS中配置了该参数，可以把所有CC_FLAGS里的-lz删除，避免不必要的编译警告。
• 验证修复：所有修改完成后，先执行make clean清理之前生成的中间缓存文件，再重新执行编译命令即可。
• 特殊情况兼容：如果安装zlib1g-dev后仍然报错，可执行find /usr/include -name zconf.h查找zconf.h的实际存放路径，将对应目录追加到INCLUDE变量末尾即可。比如64位Ubuntu常见的路径是/usr/include/x86_64-linux-gnu，对应追加-I/usr/include/x86_64-linux-gnu即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Paramar