R语言使用enrichR包时for循环查询基因集返回空结果的问题

问题原因 #

你的猜测是正确的，循环中i遍历得到的是字符串形式的基因列表名称（比如"yellow"），而不是yellow变量存储的实际基因向量，相当于你把"yellow"这个字符串本身作为基因名提交给了enrichR，自然返回空结果。

修复方案 #

方法1：直接修改原有for循环 #

用get()函数将字符串转换为对应名称的变量对象即可，修改后的代码如下：

for(i in uniquemods){
  assign(paste0(i,"_enrich"), enrichr(get(i), databases = "KEGG_2019_Human"))
}

运行上述代码即可得到和单次运行一致的富集结果。

方法2：更推荐的列表存储方案 #

使用assign在全局环境批量生成变量后续处理不便，更建议将所有富集结果存储在一个命名列表中，后续取用时更方便，代码如下：

# 批量运行富集，结果存入命名列表
enrich_results <- lapply(uniquemods, function(color){
  enrichr(get(color), databases = "KEGG_2019_Human")
})
# 给列表设置名称，方便后续取用
names(enrich_results) <- paste0(uniquemods, "_enrich")

# 取用示例：获取yellow的富集结果
yellow_enrich <- enrich_results[["yellow_enrich"]]

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Diogo de Moraes