我之前也碰到过完全一样的情况！明明系统PATH已经加了Graphviz的dot.exe路径，CMD里能正常运行dot，但在Anaconda/Spyder里就是报错。这大概率是因为Anaconda环境的变量缓存或者优先级问题，给你几个亲测有效的解决方案：

1. 重启Spyder/Anaconda #

环境变量的修改需要重启应用才能生效。如果你是在修改PATH之后没重启过Spyder，那它还是在用旧的PATH配置，自然找不到dot.exe。关闭所有Anaconda相关的窗口，重新打开Spyder再试试，这是最常见的解决方法。

2. 在代码中手动指定dot的路径 #

如果重启没用，可以直接在代码里告诉pydot去哪里找dot.exe，跳过环境变量的问题：

import pydot
# 手动设置dot的路径
pydot.set_graphviz_executables({'dot': r'C:\ProgramData\Graphviz\release\bin\dot.exe'})

# 你的原有代码
(graph, ) = pydot.graph_from_dot_file('dot_files/rf_WB.dot')
graph.write_png('rf_WB.png')

3. 验证Spyder的PATH并手动加载 #

有时候Anaconda的环境会隔离系统PATH，你可以先在Spyder的IPython控制台里运行下面的代码，看看当前环境的PATH里有没有Graphviz的bin目录：

import os
print(os.environ['PATH'])

如果输出里没有C:\ProgramData\Graphviz\release\bin，那可以试试：

• 打开Anaconda Prompt
• 输入命令：set PATH=C:\ProgramData\Graphviz\release\bin;%PATH%
• 从这个Prompt里启动Spyder（输入spyder回车）
  这样启动的Spyder就会加载更新后的PATH了。

4. 用conda直接安装Graphviz #

如果上面的方法都不太行，干脆让Anaconda环境自己带Graphviz工具，避免系统路径的问题。打开Anaconda Prompt，运行：

conda install -c conda-forge graphviz

安装完成后重启Spyder，再运行你的代码，应该就能正常导出PNG了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者NotAName