使用R如何计算辛普森多样性指数并绘制3个站点3类区域的生物多样性？

核心结论 #

3个站点的辛普森多样性指数结果优先放在同一张图呈现，仅当单站点需要展示的标注、细分维度过多时再选择分3张图呈现。

单图呈现的优势 #

• 支持直接跨站点对比同一生境区域的多样性差异：读者不用反复切换多张图对齐基准，可直观识别不同礁区的礁脊/礁坡/礁坪的多样性规律是否一致，是否存在站点特异性。
• 可结合时间维度做结构化展示：如果要同时呈现2013-2019年的多样性变化趋势，可采用分面（facet）设计，按站点拆分行/列、用颜色区分生境类型，信息密度高逻辑清晰，也方便后续补充统计检验结果的标注。

分图呈现的适用场景 #

如果你的可视化需要给每个站点单独添加大量标注（比如区域间差异的显著性字母、每个分组的误差线数值、物种分布的补充信息），同一张图堆加所有信息会过于杂乱时，可选择分3张图呈现，注意统一3张图的纵轴刻度范围，依然能保证跨站点的可比性。

示例数据集 #

你提供的示例数据集导入代码如下：

> dput(egdata)
structure(list(Year = c(2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 
2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 
2015L, 2015L, 2015L, 2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 
2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2013L, 2013L, 
2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2015L, 
2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2017L, 2017L, 
2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 
2019L, 2019L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 2013L, 
2013L, 2013L, 2013L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 2015L, 
2015L, 2015L, 2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 2017L, 2019L, 
2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L, 2019L), Site = c(1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), Zone = c("c", "c", "f", 
"f", "f", "c", "s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "f", "f", 
"f", "f", "s", "s", "s", "s", "c", "c", "c", "c", "f", "f", "f", 
"f", "f", "c", "c", "f", "f", "f", "c", "s", "s", "c", "s", "s", 
"s", "s", "s", "f", "f", "f", "f", "s", "s", "s", "s", "c", "c", 
"c", "c", "f", "f", "f", "f", "f", "c", "c", "f", "f", "f", "c", 
"s", "s", "c", "s", "s", "s", "s", "s", "f", "f", "f", "f", "s", 
"s", "s", "s", "c", "c", "c", "c", "f", "f", "f", "f", "f"), 
    Species = c("Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon leucogaster", 
    "Chaetodon semeion", "Chromis analis", "Chromis analis", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Ctenochaetus striatus", 
    "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon leucogaster", 
    "Chaetodon semeion", "Chromis analis", "Chromis analis", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon leucogaster", "Chaetodon semeion", "Chromis analis", 
    "Chromis analis", "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon leucogaster", "Chaetodon semeion", "Chromis analis", 
    "Chromis analis", "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon leucogaster", 
    "Chaetodon semeion", "Chromis analis", "Chromis analis", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Ctenochaetus striatus", 
    "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon leucogaster", 
    "Chaetodon semeion", "Chromis analis", "Chromis analis", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon leucogaster", "Chaetodon semeion", "Chromis analis", 
    "Chromis analis", "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon leucogaster", "Chaetodon semeion", "Chromis analis", 
    "Chromis analis", "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Chaetodon semeion", "Chaetodon semeion", "Chaetodon semeion", 
    "Chromis analis", "Chromis analis", "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", 
    "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon curacao", "Amblyglyphidodon leucogaster", 
    "Ctenochaetus striatus", "Chromis analis", "Chromis analis", 
    "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon leucogaster", "Chaetodon semeion", "Chromis analis", 
    "Chromis analis", "Chromis xanthura", "Ctenochaetus striatus", 
    "Ctenochaetus striatus", "Ctenochaetus striatus", "Amblyglyphidodon curacao", 
    "Amblyglyphidodon leucogaster", "Chaetodon semeion", "Chromis analis", 
    "Chromis analis")), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-93L))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jack23