Shiny渲染Flexdashboard格式Rmd时出现pandoc错误1如何解决？

• 核心原因是编码不匹配：该错误多出现在Windows系统环境下，系统默认编码为GBK/GB2312，而pandoc转换文档时强制要求内容为UTF-8编码。
• flexdashboard与普通html_output的渲染逻辑差异：flexdashboard会将所有依赖的CSS、字体、JS资源全部内联到最终HTML文件中，内联过程中如果R的写入编码没有设置为UTF-8，就会生成包含非UTF-8字节的中间文件，触发pandoc解码失败。而普通html_output对编码的容错率更高，且默认不会内联全部依赖资源，因此不会触发报错。
• 你提供的RMD文件YAML头存在缩进错误，flexdashboard对YAML格式校验更严格，格式错误会导致元数据解析异常，也可能生成乱码内容触发编码报错。

• 修正RMD的YAML头缩进，正确格式如下：

---
title: "Render RMD"
date: "`r format(Sys.Date(),'%d %B %Y')`"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    theme: cosmo
---

• 调用rmarkdown::render时强制指定编码，修改Shiny中渲染部分的代码为：

rmarkdown::render(
  'mpg_ex.rmd',
  envir = new.env(),
  output_file = paste('RenderRMD_usingShiny_',
                      as.Date(data.table::as.IDate(Sys.Date())),'_',                                                           
                      strftime(Sys.time(),format="%I%M%S%p"),'.html', sep=""),
  encoding = "UTF-8",
  options = list(pandoc_args = c("--encoding", "UTF-8"))
)

• 在Shiny代码开头添加全局编码设置：

options(encoding = "UTF-8")
# 中文Windows系统使用下面这行，英文系统替换为 "English.UTF-8"
Sys.setlocale("LC_ALL", "Chinese.UTF-8")

• 确认RMD文件本身的保存编码为UTF-8：用RStudio或记事本打开mpg_ex.rmd，选择另存为，编码项选择UTF-8覆盖原文件即可。
• 若上述操作仍未解决，可关闭flexdashboard的资源内联配置，在YAML中添加self_contained: false参数：

---
title: "Render RMD"
date: "`r format(Sys.Date(),'%d %B %Y')`"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    theme: cosmo
    self_contained: false
---

内容的提问来源于stack exchange，提问作者BharatAyya