R使用DiagrammeR包创建节点链接图找不到create_nodes函数求解决及替代方案

create_nodes()、create_edges()为DiagrammeR v1.0版本前的旧函数，新版已从包中移除，替换为create_node_df()、create_edge_df()，调整后的可运行代码如下：

library(DiagrammeR)

# 新版创建节点数据框
nodes <- create_node_df(n = 7, type = "number")
# 新版创建边数据框
edges <- create_edge_df(from = c(1, 1, 2, 2, 3, 3),
                        to = c(2, 3, 4, 5, 6, 7),
                        rel = "leading to")

graph <- create_graph(nodes_df = nodes, 
                      edges_df = edges, 
                      graph_attrs = "layout = dot", 
                      node_attrs = "fontname = Helvetica", 
                      edge_attrs = "color = gray20") 

# 查看图表
render_graph(graph)

如果确实需要使用旧版函数，可安装指定版本的包：

remotes::install_version("DiagrammeR", version = "0.9.2")

对应你需要的层级树状节点链接图，还有以下3种常用实现方案：

• igraph方案
  代码示例：

  library(igraph)
  edges <- data.frame(from = c(1,1,2,2,3,3), to = c(2,3,4,5,6,7))
  g <- graph_from_data_frame(edges)
  # 设置树形布局渲染
  plot(g, layout = layout_as_tree(g))
  

• ggraph方案（基于ggplot2语法）
  可自定义样式程度高，适配ggplot2生态的各类拓展功能：

  library(ggraph)
  library(igraph)
  edges <- data.frame(from = c(1,1,2,2,3,3), to = c(2,3,4,5,6,7))
  g <- graph_from_data_frame(edges)
  ggraph(g, layout = 'tree') + 
    geom_edge_link() + 
    geom_node_point(size = 8, fill = 'white', shape = 21) +
    geom_node_text(aes(label = name)) +
    theme_void()
  

• DiagrammeR mermaid语法方案
  无需手动构建节点、边数据，直接用声明式语法描述结构，代码更简洁：

  library(DiagrammeR)
  mermaid("
  graph TD
  1-->2
  1-->3
  2-->4
  2-->5
  3-->6
  3-->7
  ")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ranji Raj