如何基于出现频次调整ggplot2热图y轴的因子排列顺序

问题场景 #

现有包含数千行的data.frame，示例数据构造代码如下：

rep = c("rep1", "rep1", "rep1","rep2", "rep2", "rep2","rep3", "rep3", "rep3")
species = c("a","b","d","b","e","f","b","f","h")
value=c(sample.int(100, 9))

df <- data.frame(rep,species,value)
df2 <- df %>% 
  mutate(species=factor(species)) %>% 
  arrange(species,rep)

# 原始绘图代码
ggplot(df2,aes(rep, species, fill=value))+
  geom_tile()

使用上述代码绘制热图时，需要调整Y轴物种的排列顺序：优先展示在所有重复样本中均出现的物种，其次是在2个重复中出现的物种，最后是仅在1个重复中出现的物种，比如示例中物种b（出现在3个重复）排在最前，其次是f（出现在2个重复），最后是其余仅出现1次的物种。由于物种因子数量过多，无法手动逐个调整顺序。

解决方案 #

直接使用tidyverse生态下forcats包的fct_infreq()函数即可实现，该函数会按照因子的出现频率从高到低自动重排因子水平，刚好匹配上述排序需求，无需手动计算每个物种的出现重复数，修改后的绘图代码如下：

ggplot(df2,aes(rep, fct_infreq(species), fill=value))+
  geom_tile()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LDT