Conda:如何在自建环境中使用已安装的R程序
无法调用R的原因
激活conda环境时,conda会将当前环境的bin目录添加到PATH环境变量的最前位,base环境的/home/uiuu/miniconda3/bin路径优先级会被降低,若py27环境内没有R的二进制文件,就会出现调用失败的问题。
两种解决方式均可,你可以根据自己的使用场景选择:
方案1:添加R路径到py27环境(无需重装)
该方案占用空间小、操作简单,适合没有依赖冲突的场景:
- 先激活py27环境:
conda activate py27 - 执行以下命令,将R路径永久写入py27环境的激活配置,仅对该环境生效,不影响其他conda环境:
mkdir -p $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d echo 'export PATH=/home/uiuu/miniconda3/bin:$PATH' > $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d/add_base_r_path.sh - 重新激活py27环境即可正常调用R,可执行
which R验证路径是否正确。
注意:如果后续调用R时出现动态库加载报错,说明base环境的R和py27环境的依赖存在版本冲突,建议改用方案2。
方案2:在py27环境内单独安装R
该方案环境隔离性好,不同环境的R、R包互不干扰,适合对环境一致性要求高的场景:
激活py27环境后执行以下命令即可:conda install -c conda-forge r-base
内容的提问来源于stack exchange,提问作者yliueagle
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