咱们先从你提供的syslog和cronlog输出里，提炼出和环境变量、执行环境相关的关键信息，再给你针对性的排查方向：

1. 执行用户的环境上下文差异 #

• Cron执行你的cron_1sec.php时，用的是www-data用户，但要注意：Cron给用户提供的默认环境变量和web服务器（比如Apache/Nginx）运行时的环境完全不是一回事。Web服务器的环境是继承自服务进程的，包含很多预设变量；而Cron的环境非常精简，web环境里有的$_SERVER变量、自定义环境变量，在Cron执行时大概率都不存在。
• 你手动在浏览器执行时，脚本是通过web服务器的www-data上下文运行的，这时候的环境和Cron的www-data环境有本质区别——比如web环境会加载对应模式的php.ini，而Cron调用PHP时用的是CLI模式的配置文件。

2. PHP运行模式的配置差异 #

• Cronlog里的PHP Warning: Module 'xdebug' already loaded提示，直接说明Cron执行PHP时用的是CLI模式，而web环境用的是FPM/mod_php模式。两种模式加载的php.ini文件通常是分开的：CLI模式的配置一般在/etc/php/[版本号]/cli/php.ini，web模式的在/etc/php/[版本号]/fpm/php.ini。这会导致很多配置差异，比如include_path、扩展加载规则、内存限制等，都可能间接影响数据库更新操作的行为。

3. Cron环境的核心变量缺失 #

• syslog里的No MTA installed, discarding output说明：Cron默认会把脚本的输出通过邮件发送，但因为系统没装邮件传输代理（MTA），所以输出直接丢了。这也侧面反映出Cron的环境里要么没配置MAILTO变量，要么配置了但MTA不可用——而web环境根本不会依赖这个机制。
• 另外，Cron执行时的PATH变量通常非常短（一般是/usr/bin:/bin），而web服务器的PATH可能包含更多自定义路径。虽然你这里是PHP脚本，但如果脚本里调用了外部命令（比如备份、文件操作工具），PATH差异会出问题；更关键的是，PHP CLI模式可能因为PATH问题找不到某些依赖的扩展或配置文件。

4. 脚本执行的工作目录差异 #

• Cron执行脚本时的默认工作目录是执行用户的home目录（比如www-data的home可能是/var/www或者/home/www-data），而web环境执行脚本时，工作目录是脚本所在的目录（也就是/var/www/StartStop/html/includes/）。如果你的脚本里用了相对路径加载文件（比如include('file2.php')而不是绝对路径），Cron执行时会找不到文件，但你说其他操作正常，这个可能性不大，但还是要留意。

针对UPDATE失效的额外排查建议 #

既然你说只有UPDATE操作失效，其他MySQL操作（查询、数组处理）都正常，那可以试试这些方法定位问题：

• 修改Cron任务，把脚本输出重定向到一个专门的调试日志文件，比如：

  /var/www/StartStop/html/includes/cron_1sec.php >> /var/log/cron_debug.log 2>&1
  

  然后在脚本里的UPDATE语句后面，加上数据库错误信息输出：

  $result = $db->sql_query("UPDATE `program_schedule` SET `{$key}_delta`= '{$val}' WHERE `chid`={$k}");
  var_dump($db->sql_error()); // 输出错误信息
  

  这样就能看到UPDATE操作失败的具体原因了。
• 对比CLI和web模式的PHP配置：用sudo -u www-data php -i查看CLI模式的PHP信息，和web环境的phpinfo()输出对比，重点看数据库相关的配置（比如mysqlnd版本、连接超时、字符集等）。
• 确认Cron执行时的数据库连接是否正常：web环境可能用了持久化数据库连接，而CLI模式每次都是新建连接，可能存在权限或者连接参数的差异。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mantas Kildišis