R 4.1.0下针对距离矩阵的Linear model(lm)运行报错该如何处理

问题原因 #

这不是R 4.1.0的未公开变更，是此前版本对不规范输入的隐式兼容被取消导致的报错：

• lm()的标准用法要求公式两侧的输入为向量或数据框列，你直接传入距离矩阵（尤其是dist类的紧凑三角矩阵）属于不规范输入
• R 4.1.0之前的版本会自动将单维度的类矩阵对象隐式转换为向量传入模型，4.1.0对模型输入的维度校验做了严格化，要求公式中的矩阵类输入必须符合多变量模型的维度要求，单个距离矩阵不符合该要求，因此抛出维度错误。

修复方案 #

情况1：Dgen、Dgeo均为R原生dist类对象 #

直接主动将其转换为数值向量即可：

model <- lm(as.numeric(Dgen) ~ as.numeric(Dgeo))

情况2：Dgen为完整对称矩阵、Dgeo为存储为矩阵格式的三角矩阵 #

先提取非冗余的下三角成对距离值（排除无意义的对角线0值）再拟合：

# 提取非冗余成对距离，diag=FALSE表示排除对角线
dgen_vec <- Dgen[lower.tri(Dgen, diag = FALSE)]
dgeo_vec <- Dgeo[lower.tri(Dgeo, diag = FALSE)]
model <- lm(dgen_vec ~ dgeo_vec)

拟合得到的model可直接传入abline()使用，和此前的计算结果完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Efuchs