Ubuntu 16.04系统下将R从3.4.4升级到3.5.3的操作咨询

升级方案1：替换系统默认R版本（操作最简） #

前置备份（防止现有应用故障） #

先完成备份再操作，出现问题可直接回滚：

1. 导出当前已安装R包列表：
   启动R终端后执行：

installed_packages <- rownames(installed.packages())
saveRDS(installed_packages, "~/r344_packages.rds")

退出R终端后，备份现有R安装目录和个人库目录：

sudo cp -r /usr/lib/R /usr/lib/R344_backup
cp -r ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 ~/r344_library_backup

升级操作步骤 #

1. 添加CRAN R3.5系列源和对应公钥

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/'

2. 更新源并安装R 3.5.3

sudo apt update
sudo apt install r-base r-base-dev

3. 验证版本：启动R终端执行version，确认返回版本号为3.5.3即可。

升级方案2：独立安装R 3.5.3（不影响现有R环境） #

如果不想替换系统默认的R 3.4.4，避免影响现有运行的R应用，可选择编译安装到独立目录，两个版本完全隔离：

1. 安装编译依赖

sudo apt build-dep r-base

2. 下载R 3.5.3源码包并解压

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.3.tar.gz
tar -zxvf R-3.5.3.tar.gz
cd R-3.5.3

3. 编译安装到指定目录

./configure --prefix=/opt/R353 --enable-R-shlib
make && sudo make install

4. 使用方式：需要用到R 3.5.3时直接调用绝对路径即可，不会修改系统默认R指向：

/opt/R353/bin/R

常见问题说明 #

• 升级后是否需要重新安装R库？
  R 3.4.x和3.5.x的ABI不兼容，原有3.4版本安装的第三方库无法直接在3.5.3上运行，必须重新安装。你可以用之前备份的包列表批量安装，无需手动逐个处理：
  启动R 3.5.3终端后执行：

installed_packages <- readRDS("~/r344_packages.rds")
install.packages(installed_packages)

• 如何回滚到原有R 3.4.4版本？
  如果是走方案1替换了系统版本，直接将备份的/usr/lib/R344_backup覆盖回/usr/lib/R即可恢复原有环境。如果是方案2直接删除/opt/R353目录即可，完全不影响原有环境。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Canovice