Rdkit转换mol为SMILES出现原xyz无的氢、字符串编号如何解读

这是RDKit默认的分子校验（sanitize）流程导致的：RDKit默认针对有机小分子设计，内置了常规元素的价态规则，解析分子时会自动为成键数未达到默认价态要求的原子补充隐式氢，来满足价层电子稳定规则。
你处理的是铝团簇结构，不属于常规有机分子范畴，RDKit内置的铝元素价态规则和团簇中Al的实际成键模式不匹配，识别到Al的成键数不符合预设要求时就会自动添加氢原子补价，和原始xyz文件中是否存在氢没有关联。
你现有代码没有关闭默认的sanitize流程，因此触发了自动补氢逻辑，可修改读取代码关闭相关校验避免多余氢生成：

m3 = Chem.MolFromMolFile('Al_neutral.mol', strictParsing=False, sanitize=False, removeHs=False)

这些数字是SMILES语法中的环闭合标记，用于表示非链式的环结构成键关系，规则如下：

• 数字第一次出现在某个原子后方时，代表对该原子的成键位置做对应数字的标记
• 同一个数字第二次出现在另一个原子后方时，代表两个标记了相同数字的位置之间形成化学键，闭合为环
• 单个原子后方跟随多个数字，代表该原子同时参与多个不同的环
  你给出的SMILES对应多连接的铝团簇结构，单个Al原子会和多个其他Al成键形成大量交错的环，因此会出现单原子后带多个数字的情况，例如开头的[Al]12代表这个Al原子同时是1号环和2号环的起点，后续出现的1、2标记对应的原子都会和该Al成键。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hemanta