PyCharm中rpy2调用ggplot2无法弹出绘图窗口求助

我来帮你搞定这个问题——你在PyCharm 2019.2.3的Python控制台运行rpy2调用ggplot2的代码时，绘图窗口无法弹出，但在Kubuntu 14.04终端的Python控制台却能正常显示，大概率是PyCharm的环境配置或R的图形设备设置没跟上，试试下面这些可行方案：

方案1：手动指定R的图形设备 #

PyCharm的控制台可能没有自动激活R的图形输出设备，你可以在代码里显式调用Linux常用的X11图形后端，修改后的代码如下：

import pandas as pd
import rpy2.robjects.lib.ggplot2 as ggplot2
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()
from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')

# 显式启动X11图形设备，让R明确输出到独立窗口
ro.r('x11()')

measurements = pd.DataFrame({'time': [0,1], 'value': [2,3]})
gp = ggplot2.ggplot(measurements)
pp = gp + \
ggplot2.aes_string(x='time', y='value') + \
ggplot2.geom_line()
pp.plot()

如果X11不好使，也可以尝试ro.r('gtk()')或者ro.r('qt()')，取决于你的系统支持哪种图形后端。

方案2：给PyCharm控制台配置DISPLAY环境变量 #

有时候PyCharm的控制台没有继承系统的DISPLAY环境变量，导致R找不到显示目标，你可以手动添加：

1. 打开PyCharm，依次进入File > Settings > Build, Execution, Deployment > Console > Python Console
2. 找到Environment variables区域，点击右侧的编辑按钮
3. 添加环境变量：DISPLAY=:0（这是Linux默认的本地显示设备，若使用远程桌面需改成对应的值）
4. 保存设置后，重启PyCharm的Python控制台再运行代码

方案3：设置R默认使用交互式图形设备 #

在代码开头添加一行，强制R把X11作为默认绘图设备，后续所有ggplot2绘图都会自动用窗口输出：

ro.r('options(device = "x11")')

方案4：关闭PyCharm内置绘图工具窗口 #

PyCharm的“在工具窗口显示绘图”选项，可能无法捕获rpy2的R绘图输出，你可以关掉试试：

1. 进入File > Settings > Tools > Python Scientific
2. 取消勾选Show plots in toolwindow
3. 重启控制台后运行代码，绘图会弹出独立窗口

验证建议 #

如果以上方案都无效，试试在PyCharm自带的终端（不是Python控制台）运行代码：

• 若终端能正常显示，说明问题出在Python控制台的配置上，重点排查方案2和方案4；
• 若终端也不行，可能是系统图形后端配置问题，尝试更新R的相关图形包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Make42