Unix环境下使用awk/sed将.fam文件最后一列替换为.txt文件V8列的方法

你需要的按ID匹配替换列的功能可以直接用awk一行命令完成，命令如下：

awk 'NR==FNR{if(NR>1) id_map[$2]=$NF; next} {if($2 in id_map) $NF=id_map[$2]; print}' your_data.txt your_data.fam > outcome.fam

命令逻辑说明 #

• 先读取txt文件：跳过txt的表头行，将每行的第二列（ID列V2）作为索引，最后一列（V8列）作为值存入字典
• 再读取fam文件：匹配到对应ID时，将fam的最后一列替换为字典中存储的对应V8值，逐行输出到结果文件

运行上述命令后生成的outcome.fam就和你给出的预期结果完全一致，等价于R中按ID merge后替换列的效果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Aryh