R语言使用tidyverse无法获取STEMI与NSTEMI各自计数总和如何解决

问题原因 #

出现该问题最常见的是两种情况：

• 命名空间冲突：你当前环境同时加载了plyr和dplyr包，plyr的group_by函数屏蔽了dplyr的group_by，导致分组逻辑失效，summarise直接返回全局总和
• 透视步骤异常：原数据集zero_non_stringent中STEMI、NSTEMI两列存在拼写错误（比如大小写不匹配、列名写错），或者其中一整列全为空值，导致pivot_longer生成的type列只有1种取值，分组后自然只有一行结果

解决步骤 #

1. 先验证透视结果是否符合预期，执行以下代码检查type列的唯一值数量：

zero_non_stringent %>% 
  tidyr::pivot_longer(cols = c(STEMI, NSTEMI), names_to = 'type') %>% 
  dplyr::pull(type) %>% 
  unique()

如果输出只有1个值，核对原数据集的列名，修正拼写后再运行即可。

2. 如果透视结果的type列同时包含STEMI和NSTEMI两个取值，说明是包冲突问题，调用函数时指定dplyr命名空间即可，修正后的完整代码如下：

total_non_stringent <- zero_non_stringent %>%
  tidyr::pivot_longer(cols = c(STEMI, NSTEMI), 
                      names_to = 'type') %>%
  dplyr::group_by(type) %>% 
  dplyr::summarise(non_stringent_stemi_nstemi = sum(value, na.rm = TRUE))

代码中额外添加了na.rm = TRUE参数，可以避免列中存在空值导致汇总结果异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者GaB