Snakemake中如何获取函数返回列表的特定元素作为规则params参数

Snakemake的params字段传入函数时，会在规则执行时自动传入wildcards参数并执行函数，你需要把「取下标」的逻辑也封装到可被Snakemake自动执行的可调用对象中，不能直接对函数本身取下标，以下是三种可行方案：

方案1：用lambda表达式就地取值（最简洁，无需额外定义函数） #

适合只在单个规则里使用该参数的场景：

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = lambda wildcards: get_param_value(wildcards)[0],
        param2 = lambda wildcards: get_param_value(wildcards)[1]
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

方案2：封装独立取值函数（适合多规则复用场景） #

如果多个规则都需要用到这两个参数，可以单独封装小函数避免重复写lambda：

def get_param1(wildcards):
    return get_param_value(wildcards)[0]

def get_param2(wildcards):
    return get_param_value(wildcards)[1]

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params :
        param1 = get_param1,
        param2 = get_param2
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

方案3：单函数返回完整参数字典（适合参数多、函数执行开销大的场景） #

上面两个方案会重复调用两次get_param_value，如果该函数需要读文件、执行复杂计算，可以用单函数返回参数字典，仅调用一次get_param_value：

def get_all_params(wildcards):
    res = get_param_value(wildcards)
    return {"param1": res[0], "param2": res[1]}

rule example :
    input :
        'input_file.txt'
    output :
        'output_file.txt'
    params = get_all_params
    shell :
        'somecommand -i {input} -smth1 {params.param1} -smth2 {params.param2} -o {output} ;'

Snakemake支持直接给params赋值返回字典的函数，返回字典的键会自动对应为params的属性，和手动写键值对效果完全一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者athiebaut