使用R将txt文本行转列并将指标名设为表头的实现方法

解决思路 #

你的原始代码出错核心是读入文件的方式不对：read_table默认按空白符拆分列，会把原本单行的指标: 值结构拆乱，还会把分隔线、空行识别成异常数据，后续的转换逻辑自然无法得到预期结果。
你可以用逐行读取的方式先清洗脏数据，再拆分键值对，最后转成宽表即可，完整实现如下：

实现代码 #

library(tidyverse)

# 逐行读入文件，自动跳过空行
raw_lines <- read_lines("summary.txt", skip_empty_rows = TRUE)

result <- raw_lines %>%
  # 过滤掉所有由横线组成的分隔行
  str_subset("^-+$", negate = TRUE) %>%
  # 过滤掉没有对应数值的无效行（比如末尾只有冒号的Annotation行）
  str_subset(":.+") %>%
  # 按`: `把每行拆成指标名、数值两列
  str_split_fixed(": ", n = 2) %>%
  as_tibble(.name_repair = ~c("metric", "value")) %>%
  # 如果你只需要INDEL相关的三个指标，保留这行；需要全量指标就删除这行
  filter(str_detect(metric, "INDEL")) %>%
  # 转成宽表，指标名作为列名
  pivot_wider(names_from = metric, values_from = value) %>%
  # 可选：将值转为数值类型，方便后续计算
  mutate(across(everything(), as.numeric))

# 查看结果
print(result)

# 导出为制表符分隔的文件，和你给出的示例格式一致
write_tsv(result, "processed_summary.txt", col_names = TRUE)

输出效果 #

运行后得到的结果结构和你要求的完全一致：

Precision_INDEL Sensitivity_INDEL F_Measure_INDEL
           <dbl>             <dbl>           <dbl>
         0.1199             0.941           0.213

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nbn