Bash脚本while循环调用外部脚本后循环中断问题求助

这个坑我踩过好多次！你的问题核心原因很明确：被调用的run.sh会默认读取标准输入，而主脚本里的while read line循环是把$input文件重定向到标准输入来读取的。当run.sh执行时，它会把$input里剩下的内容全部“抢”走，导致主脚本的read命令再也拿不到新的行，循环自然就中断了。

下面给你几个靠谱的解决办法，按优先级排序：

1. 给run.sh调用加上标准输入重定向 #

最简单的办法就是让run.sh的标准输入来自空设备，这样它就不会碰主脚本的输入流了。修改主脚本里的调用行：

./run.sh "$np" "$bin" "$ref" "$word_size" < /dev/null

顺便提一句，这里给变量加上双引号是好习惯，避免变量里有空格或者特殊字符时出问题。

2. 用独立文件描述符读取输入 #

如果不想修改run.sh的调用方式，也可以让主脚本的while循环用单独的文件描述符来读取$input，彻底和标准输入划清界限：

# 用文件描述符3来读取input文件
while read line <&3; do
    echo "$line"
    if [[ "${line:0:1}" == ">" ]] ; then
        header="$line"
        echo "$header" >> seq_"${i}".fasta
    else
        seq="$line"
        echo "$seq" >> seq_"${i}".fasta
        if ! (( i % 5)) ; then
            ./run.sh "$np" "$bin" "$ref" "$word_size"
        fi
        ((i++))
    fi
done 3< "$input"

这样不管run.sh怎么用标准输入，都不会影响循环读取$input的内容。

3. 修改run.sh本身（如果有权限的话） #

看你注释里的run.sh内容，里面的mpirun命令可能会默认读取标准输入，这也是导致问题的根源之一。可以直接给mpirun加上< /dev/null，让它不读取stdin：

for filename in *.fasta; do
    mpirun -np "${np}" "${bin}" -d "${ref}" -ql "${filename}" -k "${word_size}" -b > log < /dev/null
    rm "$filename"
done

这样run.sh本身就不会消耗标准输入了，主脚本的循环自然就能正常跑完。

最后再补个小建议：主脚本里的变量引用尽量都加上双引号，比如"$input"、"$line"，避免遇到含空格的文件名或内容时出现意外错误。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Amin Rezaei