问题背景 #

我在自己的Conda环境GNN里碰到了一个头疼的问题：命令行里运行Python导入的PyTorch和Jupyter Notebook里的完全不是同一个版本，路径也不一样。

命令行测试结果 #

$ source activate GNN
(GNN) $ python
>>> import torch
>>> print(torch.__file__)
/home/riccardo/.local/lib/python3.7/site-packages/torch/__init__.py
>>> print(torch.__version__)
0.4.1

Jupyter Notebook测试结果 #

先启动Notebook：

(GNN) $ jupyter notebook --no-browser --port=8890

在Notebook中执行代码后得到的结果：

import torch
print(torch.__file__)
# 输出：/home/riccardo/.local/lib/python3.6/site-packages/torch/__init__.py
print(torch.__version__)
# 输出：1.2.0+cu92

我已经尝试过安装ipykernel并注册内核：

$ conda install ipykernel
$ source activate GNN
(GNN) $ python -m ipykernel install --user --name GNN --display-name "Python (GNN)"

内核确实安装到了/home/riccardo/.local/share/jupyter/kernels/gnn，但问题还是没解决。

解决方案 #

你遇到的核心问题是Jupyter并没有真正使用GNN环境的Python解释器，而是在调用系统或者其他旧环境的版本。可以按下面的步骤一步步排查修复：

• 检查内核配置文件
  打开/home/riccardo/.local/share/jupyter/kernels/gnn/kernel.json这个文件，重点看argv里的Python路径是不是指向你的GNN环境。正确的路径应该类似/home/riccardo/anaconda3/envs/GNN/bin/python（根据你自己的Conda安装路径调整）。如果路径不对，直接修改这个文件：

  {
   "argv": [
    "/home/riccardo/anaconda3/envs/GNN/bin/python",
    "-m",
    "ipykernel_launcher",
    "-f",
    "{connection_file}"
   ],
   "display_name": "Python (GNN)",
   "language": "python"
  }
  

• 确保在激活环境后安装并启动Jupyter
  很多人会忽略这一点：如果你的GNN环境里没装Jupyter，启动的时候会调用系统全局的Jupyter，自然会跑错环境。严格按这个顺序操作：

  source activate GNN
  # 先给当前环境安装Jupyter
  conda install jupyter
  # 再启动Notebook
  jupyter notebook --no-browser --port=8890
  

  打开Notebook后，记得在右上角选择Python (GNN)这个内核，再测试导入torch。

• 重置内核注册（可选）
  如果之前的内核注册有残留问题，可以先删除再重新注册：

  # 删除已注册的GNN内核
  jupyter kernelspec remove GNN
  # 重新激活环境并注册
  source activate GNN
  python -m ipykernel install --user --name GNN --display-name "Python (GNN)"
  

• 检查PYTHONPATH环境变量（进阶）
  有时候系统的PYTHONPATH会强制让Python优先加载旧路径下的包。激活GNN环境后，先执行：

  echo $PYTHONPATH
  

  如果输出里包含/home/riccardo/.local/lib/python3.6/site-packages这类不属于GNN环境的路径，可以临时清空它再启动Notebook：

  unset PYTHONPATH
  jupyter notebook --no-browser --port=8890
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者den3b