为啥会出现这种情况？ #

你踩的这个坑本质是STS的工作空间全局配置被悄悄篡改了。当你创建Dynamic Web Project并同意转成Java EE格式时，STS不光改了这个新项目的配置，还把整个工作空间的默认项目模板切换成了Java EE模式——这就导致原来的Spring Boot项目被自动加上了Java EE相关的项目特征（facet），后来新建的Spring Boot项目也直接继承了这些多余的配置，结果就是所有项目的结构都乱了套。

先搞定工作空间默认配置（防止新建项目再翻车） #

首先得把STS的全局配置改回去，不然新建项目还是会出问题：

• 打开STS，点顶部菜单栏的 Window > Preferences
• 在弹出的设置窗口里，展开 Maven > Java EE Integration，把**"Enable Java EE Configuration"**这个勾选框去掉，然后点Apply and Close。这样之后新建的Spring Boot/Maven项目就不会自动沾Java EE的配置了。

逐个修复已有的Spring Boot项目 #

接下来要把每个被搞乱的项目改回原样：

1. 右键要修复的项目，选 Properties（属性）
2. 在属性窗口里找到 Project Facets（项目特征）：
   • 把 Dynamic Web Module、JAX-WS 相关的所有选项都取消勾选（比如JAX-WS Web Services这类）
   • 只保留 Java（版本要和你的项目JDK对应）和 Maven（Gradle项目就留Gradle）这两个选项
   • 点Apply，STS会提示要移除相关文件，直接确认就行
3. 手动删掉多余的Java EE文件：
   • 如果项目里有 WebContent 文件夹，直接删掉
   • 要是src/main/webapp/WEB-INF下面多了web.xml，也删掉
   • 项目根目录下的deploymentDescriptor相关文件/文件夹也一并删除
4. 刷新项目：右键项目选Refresh，或者按F5
5. 重新构建项目：右键项目 > Run As > Maven clean，接着Run As > Maven install（Gradle项目就执行clean和build任务）

检查是否恢复正常 #

修复完之后，看看项目结构是不是回到标准Spring Boot的样子：

• 核心目录是src/main/java（放业务代码）、src/main/resources（放配置和静态资源）、src/test/java（放测试代码）
• 没有多余的Java EE相关目录和配置文件
• 项目图标变回Spring Boot的绿色小叶子（不是Java EE的Web项目图标）

避坑小贴士 #

以后要是需要创建Java EE动态Web项目，建议单独开一个新的STS工作空间，别和Spring Boot项目放一块，这样就不会互相干扰配置啦。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Farnan