R 4.0.4下Shiny交互式RMarkdown父子结构文档渲染异常问题

故障原因 #

1. 子文档存在多余配置：子文档不需要单独声明output和runtime，重复的yaml头部会导致knit_child渲染时生成额外的Pandoc原始标记，输出到页面就显示为你看到的{=html}和末尾多余的反引号。
2. knitr版本兼容问题：R 3.6.2对应的旧版knitr中，knit_child默认会自动完成markdown渲染，而你当前使用的1.33版本knitr返回的是未渲染的原始markdown字符串，直接用HTML()包裹不会解析markdown标记，最终导致标签页失效、内容显示异常。
3. 场景适配错误：你之前尝试的cat(res, sep = '\n')写法仅适用于非Shiny的普通RMarkdown文档，在Shiny组件中不能直接输出打印内容，需要传入渲染完成的HTML对象。

解决方案 #

步骤1：清理子文档配置 #

删掉child1.Rmd和child2.Rmd顶部的所有yaml内容，子文档不需要任何头部配置，直接保留正文和代码块即可，修改后的子文档示例：

Here is some text describing the chart below

And this is some more text

```{r, echo = FALSE}
fluidPage(
fluidRow(column(6,
renderPlot(
  iris %>% 
    ggplot(aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) + 
    geom_point()
)
)))

### 步骤2：修改父文档渲染逻辑
将父文档中直接调用`HTML(knitr::knit_child())`的逻辑替换为自定义的markdown转HTML方法，修改后的父文档完整代码如下：

output:
html_document:
always_allow_html: true
runtime: shiny #

library(tidyverse)
library(markdown)

# 封装子文档渲染函数
render_child <- function(path) {
  md_content <- knitr::knit_child(path, quiet = TRUE)
  html_content <- markdown::markdownToHTML(text = md_content, fragment.only = TRUE)
  return(HTML(html_content))
}

tabsetPanel(type="tabs", id="x",
  tabPanel("child1", value="y",
    render_child('child1.Rmd')
  ),
  tabPanel("child2", value="z",
    render_child('child2.Rmd')    
  )
)

### 临时兼容方案
如果不想调整代码，可直接将knitr降级到1.29版本，该版本下你原来的写法可正常运行：
```r
install.packages("remotes")
remotes::install_version("knitr", version = "1.29")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hugocosh