如何在Singularity容器中通过singularity exec命令激活conda环境

当你使用singularity run进入交互模式时，启动的是交互shell，会自动加载~/.bashrc等shell配置文件，容器内conda写入的初始化代码会被正常执行，因此conda activate命令可以正常识别。
而singularity exec调用bash执行脚本时，默认启动的是非交互非登录shell，不会主动读取包含conda初始化逻辑的配置文件，因此系统找不到conda activate对应的命令定义。你执行conda init只是把初始化代码写入了shell配置文件，非交互模式下不会加载该文件，因此问题无法解决。

• 方法1：强制bash以交互模式运行脚本
  执行命令时添加-i参数让bash加载交互模式配置，不需要修改原有脚本：

  singularity exec example.simg bash -i scripts/train.sh
  

• 方法2：脚本内手动加载conda配置
  在train.sh开头先加载conda的初始化脚本，稳定性最高，不依赖shell运行模式，适合生产环境使用：

  # 路径根据容器内conda实际安装位置调整，可在交互模式执行`echo $CONDA_PREFIX`拿到conda基础路径
  source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh
  conda activate example_env
  # 后续添加你的训练任务代码
  

• 方法3：直接使用conda run执行命令
  不需要单独写激活逻辑，直接通过conda指定环境运行目标命令，适合单次执行的简单场景，以运行python训练脚本为例：

  singularity exec example.simg conda run -n example_env python scripts/train.py
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Valeria