R使用for循环保存RTCGA包生成的多幅图时PDF首页为空如何解决

问题原因 #

kmTCGA()为RTCGA包封装的生存曲线绘图函数，返回ggplot类对象，函数内部默认带有隐式绘图逻辑。打开PDF图形设备后，隐式绘图会触发设备生成空白首页，后续显式调用print()输出的绘图会从第二页开始，最终输出的PDF就会出现首页空白的问题。

解决方案 #

方案1：删除循环内的print()调用 #

kmTCGA()本身执行时就会直接输出绘图，不需要额外加print()，直接调用即可：

pdf("../mypath/KMplots.pdf", height = 8, width = 10)
for(i in names(categories)){ ## 数据集名称遍历
  for(j in variables){ ## 目标基因名称遍历
    kmTCGA(categories[[i]], 
           explanatory.names = j, 
           pval = T, 
           conf.int = F, 
           risk.table = F)
  }
}
dev.off()

方案2：先缓存所有绘图再统一输出 #

如果需要留存绘图对象做后续处理，可先把所有绘图存入列表，再统一打印到PDF设备，避免隐式绘图触发空白页：

# 缓存所有生存曲线到列表
plot_res <- list()
idx <- 1
for(i in names(categories)){
  for(j in variables){
    plot_res[[idx]] <- kmTCGA(categories[[i]], 
                               explanatory.names = j, 
                               pval = T, 
                               conf.int = F, 
                               risk.table = F)
    idx <- idx + 1
  }
}

# 统一输出到PDF
pdf("../mypath/KMplots.pdf", height = 8, width = 10)
for (p in plot_res) {
  print(p)
}
dev.off()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者necrosnake