Variant Effect Predictor(VEP)安装时DBD::mysql配置失败及解压报错求助

1. 安装系统级前置依赖 #

根据你使用的操作系统执行对应命令，一次性解决编译依赖和工具缺失问题：

• Debian/Ubuntu 系列：

sudo apt update
sudo apt install -y mysql-server libmysqlclient-dev zlib1g-dev unzip gzip tar

• CentOS/RHEL 系列：

sudo yum install -y mysql-community-devel zlib-devel unzip gzip tar

2. 重装Perl依赖模块 #

优先用系统源的预编译包避免编译报错，不行再用cpanm安装：

• Debian/Ubuntu 系列可直接执行：

sudo apt install -y libdbi-perl libdbd-mysql-perl libarchive-zip-perl

• CentOS/RHEL 系列可直接执行：

sudo yum install -y perl-DBI perl-DBD-MySQL perl-Archive-Zip

如果上述命令执行失败，再用cpanm安装：

sudo cpanm DBI Archive::Zip DBD::mysql

3. 重新运行VEP安装脚本 #

perl INSTALL.pl

操作完成后即可解决DBD::mysql缺失导致无法使用在线模式、解压BioPerl压缩包报错的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jepson