R语言导入表格问题：表头导入时多出一列

这个问题的核心原因很明确：你的表头行以制表符开头，read.table会将这个前置的制表符解析为「第一列没有列名」，所以自动生成了X列，同时后续所有列名整体左移一位，导致原本的Domain列被错位到了第二列的位置。

下面给你两种可行的解决思路：

方案一：修改输入文件（推荐，从根源避免问题） #

直接打开你的table.txt，删除表头行最开头的制表符，让表头格式变成这样：

Domain	Phylum	Class	Order	Family	Genus	Species
otu1	Bacteria	Actinobacteria	Coriobacteriia	Coriobacteriales	Coriobacteriaceae
otu2	Bacteria	Actinobacteria	Coriobacteriia	Coriobacteriales	Coriobacteriaceae
otu3	Bacteria	Firmicutes	Clostridia	Clostridiales	Ruminococcaceae

之后用以下代码导入（显式指定第一列为行名，避免歧义）：

tab <- read.table(sep="\t", header = TRUE, file="/data/table.txt", row.names = 1)

如果你习惯用更简洁的封装函数，read.delim默认分隔符是制表符，代码可以简化为：

tab <- read.delim("/data/table.txt", header = TRUE, row.names = 1)

方案二：不修改输入文件，在R中修正 #

如果暂时无法修改原始文件，可以通过后续处理调整格式：

1. 先正常导入（此时会带X列）：

   tab <- read.table(sep="\t", header = TRUE, file="/data/table.txt")
   

2. 将自动生成的X列的值设为行名，然后删除该列：

   rownames(tab) <- tab$X
   tab <- tab[, -1]
   

3. 修正列名，将原本错位的列名还原：

   colnames(tab) <- c("Domain", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species")
   

不过这种方法属于「事后补救」，如果后续文件格式有变动，需要重新调整，不如方案一稳妥。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andrea T.