R Markdown读取数据提示无此文件或目录但普通R脚本可正常运行如何解决

• R Markdown在渲染/运行代码块时，默认工作目录是Rmd文件自身所在的文件夹，和R控制台的工作目录相互独立。你控制台查到的工作目录是项目根目录，但如果你的Rmd文件存放在Scripts子文件夹内，Rmd运行时默认的工作目录就是./Scripts，此时按照你写的Data/2020VAERSDATA.csv路径，程序会去Scripts/Data/目录下找文件，自然会报路径不存在的错误。

• 方法1：使用here包自动定位项目根目录（最推荐，适配RStudio项目架构）
  先安装包：

  install.packages("here")
  

  读取文件时修改路径写法：

  library(here)
  vaers20 <- read.csv(here("Data", "2020VAERSDATA.csv"), stringsAsFactors = TRUE)
  

  here会自动识别.Rproj文件所在的根目录，不管Rmd放在哪个子文件夹都能正确定位文件路径。

• 方法2：手动设置Rmd全局工作目录
  在Rmd文件的首个setup代码块中添加以下配置，将Rmd的工作目录统一修改为项目根目录，后续原有路径写法可直接复用：

  knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())
  

• 方法3：手动调整相对路径
  如果你的Rmd确实放在Scripts文件夹内，直接将路径改为指向父目录的写法即可：

  vaers20 <- read.csv("../Data/2020VAERSDATA.csv", stringsAsFactors = TRUE)
  

你可以在Rmd的代码块中运行getwd()打印实际运行时的工作目录，和控制台的输出做对比即可直接验证路径差异。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Magnetar