R中用自定义函数对数据框多子集拟合线性回归报错如何解决？

两个报错的核心问题 #

• 第一个报错：自定义函数形参为x，但lm函数的data参数用了函数内部不存在的.占位符，同时数据集菌落数列名为CFU_mean，你写成了CFU，变量名不匹配。
• 第二个报错：do()要求函数返回值为数据框格式，你之前直接返回coef()生成的数值向量，类型不符合要求。

可直接运行的实现代码 #

# 自定义回归函数，返回数据框格式的结果
regressions <- function(x) {
  # 拟合线性模型
  model <- lm(CFU_mean ~ minutes, data = x)
  # 提取回归系数
  coeff <- coef(model)
  # 提取p值：summary返回的系数表第四列为p值
  p_value <- summary(model)$coefficients[,4]
  # 构造符合要求的输出数据框
  data.frame(
    intercept = coeff[["(Intercept)"]],
    minutes_coef = coeff[["minutes"]],
    intercept_p = p_value[["(Intercept)"]],
    minutes_p = p_value[["minutes"]]
  )
}

# 分组计算回归结果
lm_abx_by_MIC <- rawdata2 %>% 
  group_by(antibiotic, MIC) %>% 
  # 提前过滤低于检测下限的观测
  filter(CFU_mean > 50) %>% 
  # 使用group_modify分组运行自定义函数，语法比do更简洁
  group_modify(~regressions(.x))

输出说明 #

运行完成后lm_abx_by_MIC会自动保留分组列antibiotic、MIC，同时包含截距、时间的回归系数、对应p值，完全匹配你的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者EJuskewitz