Mac终端运行Minimap2比对Nanopore cDNA序列报command not found如何解决

• 你下载的是Linux x64架构的预编译安装包，和Mac操作系统不兼容，所以即便解压出了可执行文件也无法运行
• 就算下载了适配Mac的程序版本，没有将minimap2的存放路径加入系统环境变量PATH，或者运行时没有写全可执行文件的路径，终端就会找不到对应命令。

方案1：通过Homebrew安装（最适合新手，操作最简单） #

这是Mac环境下安装生物信息学工具的首选方案，全程自动适配系统架构、配置环境变量：

• 若你还没安装Homebrew，可先搜索官方教程完成Homebrew的安装
• 执行安装命令：brew install minimap2
• 安装完成后执行minimap2 --version，输出版本号即为安装成功

方案2：使用适配Mac的预编译包 #

如果你不想安装Homebrew，可以直接下载对应Mac架构的预编译包使用：

• 下载适配Mac的minimap2预编译包并解压，找到文件夹里的minimap2可执行文件
• 临时调用可直接写全可执行文件的绝对路径，示例（路径需替换为你自己的实际存放路径）：/Users/你的用户名/software/minimap2/minimap2 -ax splice ref.fa nanopore-cdna.fa > aln.sam
• 要永久可直接调用的话，打开你对应的shell配置文件（zsh对应~/.zshrc，bash对应~/.bash_profile），加入一行：export PATH=$PATH:/Users/你的用户名/software/minimap2/，保存后执行source ~/.zshrc（对应你使用的shell类型）即可生效。

方案3：本地编译源码安装 #

如果上述方案都不适用，可直接编译源码适配你的系统：

• 下载minimap2源码包并解压，进入源码目录后执行make命令完成编译
• 编译完成后按照方案2的步骤将可执行文件所在路径加入环境变量即可。

安装完成后执行minimap2 --help，如果输出工具的帮助说明文档，就说明安装配置成功，可以正常运行你的比对命令。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Martina