Snakemake官方指定.smk文件自身Python依赖的标准化方法是什么？

关于Snakefile自身Python依赖的相关问题解答 #

• 关于是否有官方标准化方式指定.smk文件导入的Python依赖：
  目前官方推荐的标准做法就是在工作流根目录放置environment.yaml文件，将Snakemake本体、以及工作流加载阶段（规则运行前的配置解析、全局逻辑处理环节）需要用到的所有Python依赖都声明在这个文件中，你提到的官方教程中的用法就是目前公认的最佳实践。
• 关于snakedeploy是否会自动识别该文件：
  当前稳定版的snakedeploy已经原生支持自动识别工作流根目录下的environment.yaml文件，部署工作流时会自动基于该文件创建对应的运行环境，不需要用户额外手动指定环境文件路径。
• 关于依赖非snakemake-minimal的包是否不被推荐：
  不存在这类限制，官方文档中大量示例都依赖pandas这类不在snakemake-minimal依赖列表内的第三方包，只要你在工作流文档和环境文件里明确声明依赖，避免用户运行时出现无提示的导入错误即可。如果想进一步优化用户体验，可以在.smk文件开头加入简单的依赖校验逻辑，依赖导入失败时直接输出清晰的报错提示，告知用户需要安装的包名和安装方式。

另外你提到已经向Snakemake本体提交了新增anyconfig支持的PR，等该PR合并后，后续使用对应版本Snakemake的用户不需要额外安装anyconfig就能直接支持ini格式配置，对你的流水线用户会更加友好。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者DrYak