在R语言中使用pheatmap包绘制热图时如何添加图注？

pheatmap包本身没有内置图注相关的参数，你可以通过以下两种常用方案实现需求：

方案1：基于grid图形系统直接添加图注 #

pheatmap底层基于grid绘图体系，绘图完成后直接调用grid.text()即可在画布任意位置添加文本类图注：

# 加载依赖包
library(pheatmap)
library(grid)

# 绘制热图
pheatmap(x)

# 添加底部居中的图注
grid.text("图1 基因表达量差异热图", 
          x = 0.5,  # 水平位置：0为最左，1为最右，0.5为居中
          y = 0.02, # 垂直位置：0为最下，1为最上，可按需调整
          gp = gpar(fontsize = 12, col = "black"))

如果需要添加竖排侧边图注，增加rot = 90参数即可旋转文本。

方案2：转为ggplot对象后添加图注 #

如果需要和其他ggplot格式图片统一样式、或者后续要做图片拼接，可以将pheatmap对象转为ggplot格式后调用ggplot的图注配置逻辑：

# 加载依赖包
library(pheatmap)
library(ggplotify)
library(ggplot2)

# 静默绘制热图（不直接弹出绘图窗口）
p <- pheatmap(x, silent = TRUE)

# 转为ggplot对象并添加图注
as.ggplot(p) +
  labs(caption = "图1 基因表达量差异热图") +
  theme(
    plot.caption = element_text(hjust = 0.5, size = 12, color = "black")
  )

注意事项 #

• 采用方案1时，需要在调用grid.text()添加完图注后再执行图片保存操作，否则图注不会被写入输出文件
• 两种方案的字体、字号、颜色、位置参数都可以根据自己的排版需求灵活调整

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Zahra_fa