ggplot散点图存在缺失x值导致趋势线无法连通的问题咨询

趋势线出现缺口是因为你的数据中存在缺失采样日对应的观测值，geom_line()默认遇到NA值或者无对应分组观测的时间节点时，会断开连线，不会自动跳过缺失节点连接前后有效数据。

方法1：直接修改geom_line参数（适用于缺失日期仅对应TEPcells/SE为NA的场景） #

只需在geom_line()层添加na.rm = TRUE参数，即可自动跳过NA值直接连接前后有效数据点，修改后的代码如下：

ggplot(SiExptTEPa, aes(x=Timepoint..dpi., y=TEPcells, group=Treatment)) +
    geom_point(size=5,aes(colour=Nutrient)) +
    scale_color_manual(values=c('yellow','light blue')) +
    geom_errorbar(aes(ymin=TEPcells-se, ymax=TEPcells+se), width=.1) +
    facet_wrap(~Nutrient, scales="free") +
    scale_y_continuous(labels = scales::scientific) +
    theme_classic() +
    xlab("Time Post Infection (Days)") +
    ylab("TEP by Total Cells") +
    ylim(3e-08,2e-07) +
    geom_line(aes(linetype=Treatment), na.rm = TRUE) +
    scale_linetype_manual(values=c("solid", "dashed"))

注：如果没有单独加载scales包，需要给scientific函数加上scales::前缀避免报错。

方法2：先补全数据再绘图（适用于缺失日期完全没有对应分组观测行的场景） #

如果你的数据集里缺失采样日完全没有对应Treatment+Nutrient组合的行，可以先用tidyr的complete函数补全所有时间节点的分组观测，再绘图即可：

library(dplyr)
library(tidyr)

# 补全所有时间点、处理、营养条件的组合
SiExptTEPa_full <- SiExptTEPa %>%
  complete(Timepoint..dpi., Treatment, Nutrient)

# 用补全后的数据绘图
ggplot(SiExptTEPa_full, aes(x=Timepoint..dpi., y=TEPcells, group=Treatment)) +
    geom_point(size=5,aes(colour=Nutrient), na.rm = TRUE) +
    scale_color_manual(values=c('yellow','light blue')) +
    geom_errorbar(aes(ymin=TEPcells-se, ymax=TEPcells+se), width=.1, na.rm = TRUE) +
    facet_wrap(~Nutrient, scales="free") +
    scale_y_continuous(labels = scales::scientific) +
    theme_classic() +
    xlab("Time Post Infection (Days)") +
    ylab("TEP by Total Cells") +
    ylim(3e-08,2e-07) +
    geom_line(aes(linetype=Treatment), na.rm = TRUE) +
    scale_linetype_manual(values=c("solid", "dashed"))

如果缺失的采样数据有实际业务意义，建议在最终图表中标注缺失的时间节点，避免读者误解数据连续性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rachel Davitt