snakemake报positional argument follows keyword argument错误排查

报错原因与修复方案 #

核心错误根因 #

你收到的语法错误完全来自rule prokka的output段定义不符合Python语法规范：Python要求所有位置参数必须放在关键字参数之前，你在output里第一个子项用了关键字命名faa = xxx，第二个子项直接写directory(xxx)没有加关键字，就触发了「位置参数跟在关键字参数后」的语法报错。

其他隐含错误 #

除了直接的语法错误，你的rule prokka还有三处隐含逻辑错误：

• output段第二个目录路径的通配符多写了一个闭合大括号：{sample_id}}多了一个}，会导致通配符识别失败
• shell命令中--outdir参数直接传了{output}，会把所有输出项（包括faa蛋白文件）都传给路径参数，实际只需要传入输出目录即可
• shell命令中错误使用了{params.contigs}，但你没有定义params.contigs，应该调用输入文件{input.contigs}

修正后的完整rule prokka代码 #

rule prokka:
    output:
        faa = "{sample_id}/annotation/prokka/{sample_id}.faa",
        outdir = directory("{sample_id}/annotation/prokka/{sample_id}")
    input: 
        contigs = rules.skesa.output.contigs
    shell:
        "prokka --outdir {output.outdir} --prefix {wildcards.sample_id} {input.contigs}"

验证方法 #

修改后重新执行snakemake -np即可正常通过语法检查。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Forrest Vigor