for循环中用grep提取bam文件行输出到带变量的文件结果为空如何解决

• 核心错误是grep的匹配参数额外嵌套了不必要的单引号：你写的grep "'${variable}'"在变量展开后，实际给grep的匹配规则是包裹了单引号的字符串，比如变量为mmu-let-7g-5p时，grep会尝试匹配内容里的'mmu-let-7g-5p'（带单引号），但samtools输出的内容中不存在带单引号的字符串，完全匹配不到目标行，因此输出的都是空白文件。
• 可选优化点1：直接用cat读文件赋值给变量再遍历的写法，在变量包含特殊字符、文件换行异常时容易出错，更稳妥的写法是用while循环逐行读取variables.txt。
• 可选优化点2：你当前直接把grep的文本输出命名为.bam后缀不规范：grep输出的是纯文本SAM格式，不是二进制BAM格式，如果需要生成合法的BAM文件，需要用samtools view把匹配到的SAM内容转成二进制BAM。

基础修复版（输出SAM格式文本） #

file="variables.txt"

# 逐行读取变量文件，兼容最后一行无换行符的情况
while IFS= read -r variable || [ -n "${variable}" ]
do
    samtools view sample.bam | \
    grep "${variable}" \
    > sample.${variable}.sam
done < "${file}"

输出合法BAM格式版 #

file="variables.txt"

while IFS= read -r variable || [ -n "${variable}" ]
do
    # 匹配后直接转成二进制BAM格式
    samtools view sample.bam | \
    grep "${variable}" | \
    samtools view -b -o sample.${variable}.bam -
done < "${file}"

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Billy Mills