NextFlow是否适用于面向文件的处理场景及相关使用疑问咨询

面向文件的增量重跑场景实现 #

你提到的需求本质是要实现基于文件修改/删除状态的任务自动重跑，NextFlow本身支持该场景，你之前的使用问题是未开启对应配置：

• 针对工作目录文件难以定位修改的问题：给生成中间文件的进程（比如你的进程A、B）配置带校验的storeDir，将输出文件存储到你可直接访问的自定义目录，无需再翻找哈希命名的工作目录，示例配置如下：

  process A {
    storeDir './output/a_dir', checksum: true
    output:
    path 'a.txt'
    """
    echo "test" > a.txt
    """
  }
  

  开启checksum: true后，NextFlow会校验storeDir下的文件哈希，只要你删除、修改、touch了a.txt导致哈希变化，进程A就会自动重跑。
• 针对storeDir忽略文件变更导致下游不重跑的问题：只要上游进程（A、B）开启了checksum: true，下游进程C的输入哈希会随上游输出的变化自动更新，进程C会检测到输入变更自动触发重跑，不会保留旧的c文件。
• 针对publishDir不符合需求的问题：publishDir本身是结果导出组件，不参与缓存校验逻辑，中间文件的留存和校验统一用带checksum的storeDir即可，storeDir支持在任意中间进程使用，没有仅能用于最终步骤的限制。

仅运行到指定进程的实现 #

直接在运行命令中添加-until参数指定目标进程名即可，示例命令如下：

nextflow run your_pipeline.nf -until A

运行后流水线执行完进程A就会自动终止，不会执行后续的B、C进程。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者zakmck