Shell脚本中字符串变量拼接结果顺序颠倒是什么原因？

• 核心问题是你存放文件名的RNA-seq_filename.txt使用了Windows格式的换行符（CRLF，即\r\n结尾），而Linux/macOS的换行符为LF（仅\n结尾）。当你用cat读取每行内容赋值给prefix时，变量末尾会被自动带上看不见的\r（回车符）。
• 回车符的作用是将光标移动到当前行的最左侧，所以你输出${prefix}${R1}时，实际输出顺序是[prefix内容]\r[R1内容]，光标移到行首后R1的内容会覆盖prefix开头的位置，视觉上就出现了字符串顺序颠倒的效果。
• 你原脚本中的长命令没有加续行符\，跨行会被识别为多个独立命令，也是潜在的执行异常原因。

• 第一步：先转换文件名文件的换行格式，执行以下命令即可把Windows换行转成Linux换行：

  dos2unix /binf-isilon/PBgrp/jfb841/RNA-seq_germination/RNA-seq_filename.txt
  

  如果环境中没有dos2unix工具，也可以用sed命令实现相同效果：

  sed -i 's/\r$//' /binf-isilon/PBgrp/jfb841/RNA-seq_germination/RNA-seq_filename.txt
  

• 第二步：优化shell脚本写法，规避空格、特殊字符等其他潜在问题，修改后的参考脚本如下：

  #!/bin/bash
  # 固定参数提到循环外，避免重复赋值
  raw_data_loc="/binf-isilon/PBgrp/jfb841/RNA-seq_germination"
  index_path="/binf-isilon/PBgrp/jfb841/annotations/transcriptome_index"
  R1="_R1_001.fastq.gz"
  R2="_R2_001.fastq.gz"
  
  # 用while read代替for cat读取文件，兼容性、稳定性更强
  while IFS= read -r prefix || [[ -n ${prefix} ]]; do
      # 额外去除变量中可能存在的回车符，双重保险
      prefix=${prefix//$'\r'/}
      echo "Processing sample ${prefix}"
      salmon quant -i "${index_path}" \
          --libType A \
          -1 "${raw_data_loc}/${prefix}${R1}" \
          -2 "${raw_data_loc}/${prefix}${R2}" \
          -p 48 \
          -o "quants/${prefix}_quant" &
  done < /binf-isilon/PBgrp/jfb841/RNA-seq_germination/RNA-seq_filename.txt
  # 等待所有后台salmon定量任务执行完成
  wait
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bai Bing