如何在不触发上游规则的前提下单独运行Snakemake的指定规则

• 方案1：使用Snakemake 7.0+原生--from参数
  这个参数完全匹配你要的「从指定规则开始运行」的需求，只会执行指定规则及其所有下游规则，上游依赖的文件如果不存在直接报错，不会触发上游规则执行。
  执行命令示例：

  # 先执行dry run确认只有B、C会被执行
  snakemake --from B -n
  # 确认无误后实际运行
  snakemake --from B
  

• 方案2：低版本Snakemake使用--allowed-rules参数
  手动指定允许执行的规则列表，不在列表里的规则完全不会被触发，上游文件缺失时直接报错：

  snakemake --allowed-rules B C -n
  snakemake --allowed-rules B C
  

• 方案3：临时标记高成本规则为已完成
  如果你已经确认规则A的输出都存在，只是Snakemake误判需要重跑，可以先执行命令手动标记规则A的所有输出为最新状态，之后运行工作流就不会再触发规则A：

  snakemake -R A --touch
  

针对高成本规则容易被误触发的问题，可以在规则的输入中用ancient()修饰符修饰输入文件，示例如下：

rule A:
  input: ancient("{name}.in")
  output: "{name}.out"
  shell: "touch {input} {output}"

加了ancient()后，Snakemake只要检测到输出文件存在，就不会再检查输入文件的时间戳是否更新，直接判定规则不需要重跑，从根本上避免高成本规则被误触发。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Cornelius Roemer