RMarkdown的SQL代码块运行knitr时如何提示用户输入数据库连接用户名

核心原因说明 #

knitr编译时默认运行在非交互式环境下，readLines方法需要读取交互式输入流，因此无法正常触发。

可行解决方案 #

方案1：使用RMarkdown params实现编译前输入 #

你之前对params的使用认知存在偏差，params支持编译时弹出交互窗口让用户手动输入参数值，无需提前在脚本中写死用户名，配置步骤如下：

1. 在文档开头的YAML头部定义参数：

---
title: "数据库查询文档"
output: html_document
params:
  db_username:
    label: "数据库用户名"
    value: ""
    input: text
---

2. 在SQL代码块的连接配置中直接调用参数即可：

-- {sql connection=DBI::dbConnect(RMySQL::MySQL(), user=params$db_username, host="数据库地址", dbname="目标库名")}
SELECT * FROM 测试表 LIMIT 10;

编译时点击RStudio的Knit with Params选项，就会弹出输入框让运行脚本的用户填写用户名。

方案2：RStudio环境下弹窗输入 #

如果仅在RStudio环境中运行脚本，可以用rstudioapi包的弹窗输入方法，编译时也能正常触发：

1. 先在SQL代码块前添加R代码块获取用户名并建立连接：

library(rstudioapi)
library(DBI)
# 弹出输入框获取用户名
db_user <- askForPassword(prompt = "请输入数据库用户名")
# 建立数据库连接，可同时增加密码输入提示
con <- dbConnect(RMySQL::MySQL(),
                 user = db_user,
                 host = "数据库地址",
                 dbname = "目标库名",
                 password = askForPassword(prompt = "请输入数据库密码")
)

2. 后续SQL代码块直接复用已创建的连接：

-- {sql connection=con}
SELECT * FROM 测试表 LIMIT 10;

内容的提问来源于stack exchange，提问作者S31