Snakemake通配符展开错误导致‘Missing input files’问题求助

嘿，我帮你排查到问题所在啦！你遇到的错误是因为glob_wildcards的返回值用法不对导致的，咱们一步步来修正：

错误原因 #

glob_wildcards("test/{f}.txt")返回的是一个namedtuple对象，而不是直接的文件名列表。你直接把这个对象传给expand，Snakemake会把整个tuple转换成字符串['test1', 'test2']，所以才会出现诡异的路径test/['test1', 'test2'].txt。

修正后的Snakefile #

只需要提取namedtuple里的f字段（也就是咱们要的文件名列表）就行，修改后的代码如下：

# 提取wildcards对应的文件名列表
ins_f = glob_wildcards("test/{f}.txt").f

rule all:
    input: expand("out/{f}.txt", f=ins_f)

rule test:
    input: "test/{f}.txt"
    output: "out/{f}.txt"
    shell: "touch {output}"

验证步骤 #

1. 确保你的目录结构正确：

   mkdir -p test out
   touch test/test1.txt test/test2.txt
   

2. 运行Snakemake：

   snakemake -j 1
   

这时候应该就能正常生成out/test1.txt和out/test2.txt啦。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bluescreen