ggplot中解决多基因表达图平滑线与数据点被置信区间遮挡的方法

嗨，作为R新手遇到这种图层遮挡的小问题太正常啦！你提的两个解决方案都完全可行，我给你分别调整代码并解释清楚：

ggplot的图层是按代码书写顺序叠加的——先写的图层会被后写的图层覆盖。你原来的代码先画了数据点，再画带置信区间的平滑线，所以置信区间的填充层就盖在点上面了。只需要把geom_smooth移到geom_point前面，就能让点和线稳稳地在置信区间填充的上层：

library(forcats)
library(ggplot2)
library(tidyr)

# 数据整理部分保持不变
tbl_long <- data1 %>% gather(gene, expression, -X)

# 调整图层顺序后的绘图代码
tbl_long %>% 
  ggplot(aes(x = fct_inorder(X), y = expression, color = gene, group = gene)) + 
  geom_smooth(aes(fill=gene)) +  # 先绘制置信区间填充和平滑线
  geom_point() +  # 再绘制数据点，确保点在最顶层
  theme_classic()

如果不想改动图层顺序，也可以给geom_smooth添加alpha参数来降低填充色的透明度，这样就算填充层在上面，也不会遮挡下面的点和线：

library(forcats)
library(ggplot2)
library(tidyr)

tbl_long <- data1 %>% gather(gene, expression, -X)

# 调整填充透明度后的绘图代码
tbl_long %>% 
  ggplot(aes(x = fct_inorder(X), y = expression, color = gene, group = gene)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(aes(fill=gene), alpha = 0.3) +  # alpha取值0-1，数值越小透明度越高
  theme_classic()

另外给你个小技巧：如果想让平滑线更突出，还可以给geom_smooth加上size参数调粗线条，比如size=1.2，效果会更好哦！

内容的提问来源于stack exchange，提问作者P_aza