自定义比例尺下Fiji图像点选取错位问题咨询

• Fiji/ImageJ的测量结果返回的X、Y质心坐标，是已经通过Set Scale设置的比例尺换算后的校准单位坐标，匹配你设定的实际物理单位体系
• 而makePoint这类图像绘制类内置函数的入参要求为原始像素坐标，默认不会自动做单位换算，直接将校准坐标作为像素值传入定位，就会出现严重错位。

将测量得到的校准坐标换算为像素坐标后，再传入makePoint函数即可，换算需要调用内置函数获取当前图像的像素校准系数。修改后的完整代码如下：

run("Set Measurements...", "area centroid fit display redirect=None decimal=3");
run("Measure");
XPos=getResult("X", nResults-1);
YPos=getResult("Y", nResults-1);
// 新增坐标换算逻辑
getPixelSize(xScale, yScale);
X_pixel = XPos / xScale;
Y_pixel = YPos / yScale;
print("Point placed at X "+XPos+" and Y "+YPos+".");
makePoint(X_pixel, Y_pixel, "small yellow hybrid");

如果需要同时保留校准坐标的测量输出，不需要修改其他测量逻辑，仅添加上述坐标换算步骤即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者maxgotstuck