MacOS10下R4.1.0执行install.packages安装Rcpp包编译报错如何解决

报错根因 #

你遇到的是旧版MacOS系统搭配R 4.1.x版本时的典型C++编译冲突问题：R默认调用了brew安装的llvm编译器，其标准库头文件和系统内置的math相关头文件路径冲突，导致标准库函数找不到定义。

解决方案 #

按优先级依次尝试以下操作即可：

• 优先选择预编译二进制安装（无需本地编译，适合不熟悉C++编译的用户）
  打开R控制台执行命令：
  install.packages("Rcpp", type = "binary")
  该命令会直接下载官方预编译好的Rcpp包，跳过本地编译流程，90%以上的同类问题都可以通过该方法解决。

• 若二进制安装不可用，调整R的编译配置

  1. 先确认已安装Xcode命令行工具，打开终端执行：
     xcode-select --install
     按照弹窗提示完成安装即可，若提示已安装可直接跳过该步骤。
  2. 终端执行以下命令创建/打开R的编译配置文件：

  mkdir -p ~/.R
  touch ~/.R/Makevars
  open ~/.R/Makevars
  

  3. 在打开的Makevars文件中粘贴以下内容，指定使用系统原生clang编译器规避llvm头文件冲突：

  CC=/usr/bin/clang
  CXX=/usr/bin/clang++
  CXX11=/usr/bin/clang++
  CXX14=/usr/bin/clang++
  CXX17=/usr/bin/clang++
  CXX20=/usr/bin/clang++
  LDFLAGS=-L/usr/lib -L/usr/local/lib
  CPPFLAGS=-I/usr/include -I/usr/local/include -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk
  

  4. 保存关闭文件后重启R，重新执行install.packages("Rcpp")即可完成安装。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者William Song