如何用R的EBImage包读取16位TIFF并保留像素强度作为标注掩膜

原因说明 #

EBImage读取16位无符号灰度TIFF时默认会执行归一化操作：将原始0~65535范围的整数值除以65535，转换为[0,1]区间的double类型数值。你观测到的最大值0.08792248恰好等于5750/65535的计算结果，和你掩膜的标签最大值完全匹配。
直接将小于1的double值强制转换为integer会截断小数部分，因此所有值都会变为0。

解决方法 #

方法1：读取后反算恢复原始标签 #

直接对归一化后的数值做反向缩放，还原原始整数值：

objectMask <- readImage("/Volumes/myHD/objectMask.tiff")
# 反归一化到16位整数范围，四舍五入避免精度误差导致标签错误
objectMask@.Data <- round(objectMask@.Data * 65535)
# 修改存储模式为integer，和bwlabel输出格式一致
storage.mode(objectMask@.Data) <- "integer"
# 验证输出
range(objectMask@.Data)

方法2：读取时直接保留原始整数值 #

可以先通过tiff包读取原始整数数据，再转换为EBImage的Image对象：

library(tiff)
library(EBImage)
# as.is=TRUE表示不做归一化，直接返回原始整数值
raw_mask <- readTIFF("/Volumes/myHD/objectMask.tiff", as.is = TRUE)
# 转换为EBImage标准格式
objectMask <- Image(raw_mask, colormode = "grayscale")
# 验证输出
storage.mode(objectMask@.Data)
range(objectMask@.Data)

两种方法得到的结果都可以直接作为标注图像使用，和bwlabel的输出格式完全兼容。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者traumenCapote