R语言ggplot2如何分别设置两个图例位置并移除重复图例

你之前代码出现重复图例的核心原因是：提取Mutations图例时没有关闭Regions对应的fill图例，导致提取的右侧图例同时包含两个内容，和主图底部的Regions图例重复。可通过以下两种方案解决：

方案1：使用ggplot原生单图例位置设置（推荐，版本≥3.5.0，无需拼接） #

直接调整原绘图代码，无需额外拼接图表即可实现两个图例分别定位：

library(ggplot2)
library(ggh4x)
setwd("F:/Mutations/Graph_input")
d <- read.csv(file = "ORF7b.csv", sep = ",", header = TRUE)

p1 <- ggplot(d, aes(x= Position,y= Wild_Score)) + 
  xlab("Positions") + 
  ylab("Scores") +
  stat_difference(aes(ymin = 1, ymax = Wild_Score), alpha = 0.5, levels = c("Antigenic", "Non antigenic", "Neutral")) + 
  scale_fill_discrete(name = "Regions") + 
  geom_line(aes(y=1)) + 
  geom_line(aes(y = A15S_Score), color = "blue", linewidth = 1) + 
  geom_point(aes(x= 15, y = 1.194, color = "A15S"), size = 3) + 
  scale_color_manual(name = "Mutations", values = c("A15S" = "blue")) +
  ggtitle("ORF7b protein") + 
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
  # 分别为两个图例设置独立位置
  guides(
    color = guide_legend(position = c(0.92, 0.8)),
    fill = guide_legend(position = "bottom")
  )

p1

方案2：修正原有plot_grid拼接方案 #

如果你使用的ggplot版本较低，不支持单图例独立位置设置，仅需修改提取图例的代码，关闭fill图例的提取即可：

# 提取图例时仅保留color对应的Mutations图例，关闭fill的Regions图例
guide_color <- get_legend(p1 + guides(fill = "none")) 
# 主图关闭color图例，保留fill图例放在底部
plot_grid(p1 + guides(color = "none") + theme(legend.position = "bottom"), guide_color, ncol = 2, rel_widths = c(.9, .1)) 

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shatila Shahi