调整DESeq2 plotCounts绘图的location条件顺序为West-Mid-East

没问题，这个需求很好解决，核心是通过调整location列的因子水平顺序来改变plotCounts的分组排列逻辑——因为DESeq2默认会按照因子水平的顺序展示分组，而字符型的location会被默认按字母顺序转成因子，所以咱们手动指定因子水平就能实现West-Mid-East的排序。给你两种可行的方案：

方法一：先修改metadata再重建ddsMat #

这是最稳妥的方式，先把metadata里的location转成指定顺序的因子，再重新构建DESeqDataSet对象：

# 将metadata中的location转为指定顺序的因子
metadata$location <- factor(metadata$location, levels = c("West", "Mid", "East"))

# 重新构建ddsMat对象
ddsMat <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = countdata, colData = metadata, design = ~ location)

# 再次绘图，此时分组会按West-Mid-East排列
plotCounts(ddsMat, "photosystem II protein D1 1", intgroup=c("location"))

方法二：直接修改已有的ddsMat对象 #

如果不想重新构建ddsMat，也可以直接修改对象里的colData部分的因子水平：

# 直接修改ddsMat中location的因子水平
colData(ddsMat)$location <- factor(colData(ddsMat)$location, levels = c("West", "Mid", "East"))

# 重新绘图即可
plotCounts(ddsMat, "photosystem II protein D1 1", intgroup=c("location"))

两种方法都能达到你想要的效果，选哪种都可以~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ecg