如何使用R corrplot包绘制指定行列带显著性标记的相关热图

你只需要先对相关系数矩阵、显著性p值矩阵做对应行列筛选，再调整绘图参数即可实现需求，具体操作如下： #

1 定义需保留的行列名称 #

先把你指定的行列名存为两个独立向量：

# 需保留的行名
keep_rows <- c("mpg", "cyl", "disp", "hp", "drat")
# 需保留的列名
keep_cols <- c("wt", "qsec", "vs", "am", "gear", "carb")

2 同步筛选相关系数矩阵和p值矩阵 #

要保证两个矩阵的筛选规则完全一致，避免后续显著性标记错位：

# 筛选相关系数矩阵
M_filtered <- M[keep_rows, keep_cols]
# 筛选对应的显著性p值矩阵
p_filtered <- testRes$p[keep_rows, keep_cols]

3 调整绘图参数后输出 #

你原来的代码里type = 'upper'、diag = FALSE是针对对称全方阵的参数，筛选后的矩阵是5行6列的非对称矩阵，需要删掉这两个参数；如果要保留你指定的行列展示顺序，把order = 'AOE'改为order = 'original'即可：

corrplot(M_filtered, 
         p.mat = p_filtered, 
         method = 'color', 
         sig.level = c(0.001, 0.01, 0.05), 
         pch.cex = 0.9,  
         insig = 'label_sig', 
         pch.col = 'grey20', 
         order = 'original')

参数调整说明 #

• 如果你不需要自己指定行列顺序，想要保留自动排序的效果，order参数可以保留为'AOE'
• 只要相关系数矩阵和p值矩阵的筛选规则完全一致，原来的显著性标记逻辑不会失效，和你之前的设置效果完全相同

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shaminur